I campionamenti sono effettuati tramite la battello Poseidon, utilizzato per raccogliere campioni di
acqua e sedimento per le successive analisi, oltre che come imbarcazione di appoggio per rilievi
subacquei sui popolamenti a macroalghe e sulle praterie di Posidonia oceanica.

In ciascuna stazione viene monitorato, secondo i parametri definiti dalla norma e descritti nei
paragrafi successivi, lo stato di qualità ambientale:

• stato ecologico: descrive la qualità delle acque sulla base, dello status di diversi elementi biologici (fitoplancton, macroalghe, Posidonia oceanica, macrozoobenthos) del livello trofico delle acque (indice TRIX) e della presenza di sostanze chimiche non prioritarie nelle acque e nei sedimenti (tabelle 1B e 3B del DM 56/2009). Il giudizio sulla qualità ecologica risulta BUONO per tutti i corpi idrici indagati nel 2014 fatta eccezione di Costa del Serchio e Costa Pisana a causa di elevati valori di biomassa fitoplanctonica e TRIX, e di Costa Versilia, Costa Punt'Ala e Arcipelago Isola d'Elba, per il superamento, oltre i limiti soglia indicati dalla legge, della concentrazione di cromo. In questi corpi idrici il giudizio è SUFFICIENTE
• stato chimico: descrive la qualità delle acque in base alla presenza di sostanze chimiche prioritarie nelle acque e nei sedimenti (tabelle 1A e 2A del DM 56/2009), oltre che negli  organismi bioaccumulatori (mitili). I possibili livelli di classificazione sono 2: “Buono” o “Non buono”. Tutte le stazioni monitorate risultano nella classe NON BUONO.  Il basso livello di qualità ambientale è legato essenzialmente ad alte concentrazioni di mercurio e/o Tributilstagno (TBT) e in tre stazioni per la presenza di cadmio nelle acque.

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